1.001.005 補丁解決了 NPC 在船上時會互相重疊的問題，以及當某人在更高難度設定下玩時 MJ 會被一擊的問題。此外，玩家不必擔心失去跳躍能力，彼得也不必再擔心被卡在長凳或欄桿上，因為這兩個問題都已解決。除此之外，蜘蛛人切換角色後接錯電話的問題也已解決。

除了解決這些問題之外，其他問題也正在進一步調查中，例如玩家陷入《馬科的回憶》結局的問題。每當有人玩很長時間時模型就無法正確加載的問題正在進一步檢查。

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以下列出的是官方補丁說明：

解決了NPC 可能在船上彼此重疊的問題解決了在較高難度設置下MJ 可能會被一擊擊敗的問題解決了隱藏HUD 會導致某些任務無法觸發的多個問題解決了在船隻上缺少碰撞的問題港口地板進一步解決了玩家可能陷入馬科回憶的結局的問題解決了玩家在失敗序列中可以切換角色的問題解決了玩家可能被困在牆上奔跑的問題解決了錯誤的蜘蛛俠的問題如果玩家在通話期間切換角色，則可以接到電話解決了玩家可能失去跳躍能力的問題解決了壓縮到某個點後輸入無法註冊的多個問題解決了遊戲被老闆擊敗後無法正確重新加載的問題解決了彼得帕克可能會卡在長凳或欄桿上的問題。解決了蜘蛛人可能會穿過地圖並在戰鬥中被卡住的問題。解決了懸掛十獎杯無法準確計算翻轉的問題。解決了輸入會被卡住的問題。抓取記憶水晶後不註冊進一步解決了長時間遊戲後模型無法正確加載的問題解決了玩家角色可能離開任務並進入開放世界導致保存損壞的問題提高了穩定性